Klinička apoteka je organizaciona jedinica u sastavu Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu, apoteka zatvorenog tipa koja prema organizacionoj strukturi djeluje u okviru Kabineta generalnog direktora KCUS-a.

Klinička apoteka kao posebna organizaciona cjelina postoji od osnivanja Zemaljske bolnice u Sarajevu i predstavlja važan segment zdravstvenog sistema KCUS-a.

Apoteka raspolaže savremenom opremom za rad, razvijenim informacionim sistemom na nivou KCUS-a, educiranim stručnim kadrom i organizacijom rada koja omogućava efikasno obavljanje svih poslova iz djelatnosti Kliničke apoteke u skladu sa potrebama organizacionih jedinica KCUS-a.

Osnovni zadatak Kliničke apoteke je nabavka i snabdijevanje gotovim lijekovima, medicinskim sredstvima i pomagalima, instrumentima, dijagnostičkim sredstvima, hemikalijama, kao i galenskim i magistralnim pripravcima iz vlastite proizvodnje za potrebe svih organizacionih jedinica Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu.

Klinička apoteka ujedno predstavlja nastavnu bazu za edukaciju srednjeg medicinskog kadra – farmaceutskih tehničara, magistara farmacije i zdravstvenih radnika na specijalizaciji iz odgovarajućih oblasti.