Klinički centar Univerziteta u Sarajevu svoje korijene veže za prvu hospitalnu zdravstvenu ustanovu u Sarajevu, koju je 1866. godine osnovao Topal Osman-paša sredstvima Gazi Husrev-begovog vakufa.
Današnji kompleks većine objekata KCUS-a utemeljen je 1894. godine u sarajevskom naselju Koševo, osnivanjem tadašnje Zemaljske bolnice. Upravo se ova godina uzima kao zvanični datum osnivanja Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu.
Dolaskom Austro-Ugarske monarhije dolazi do snažnog razvoja zdravstvenog sistema i medicinske struke i nauke u Bosni i Hercegovini. Zemaljska bolnica izgrađena je prema uzoru na Univerzitetsku bolnicu u Beču i u vrijeme osnivanja predstavljala je jednu od najmodernijih bolnica na Balkanu. Bila je uređena prema najvišim evropskim standardima tog vremena i ubrzo postala centralna zdravstvena i naučna ustanova u zemlji.
U Zemaljskoj bolnici radili su vrhunski stručnjaci iz Austrije, Mađarske, Češke, Italije i drugih evropskih zemalja, dok se paralelno razvijao i domaći medicinski kadar školovan na univerzitetima u Beču, Budimpešti i Pragu. Već krajem 19. i početkom 20. stoljeća u Sarajevu su izvođeni složeni hirurški i terapeutski zahvati, zahvaljujući čemu zdravstveni sistem Bosne i Hercegovine nije zaostajao za razvijenim evropskim centrima.
Razvoj Zemaljske bolnice stvorio je temelje za osnivanje Medicinskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu, nakon čega bolnica postaje nastavna i naučno-istraživačka baza za obrazovanje budućih generacija ljekara i medicinskog osoblja.
Nakon završetka Prvog svjetskog rata 1918. godine Bosna i Hercegovina suočava se sa siromaštvom, epidemijama zaraznih bolesti i nedostatkom stručnog kadra, jer veliki broj ljekara napušta zemlju. Obnova zdravstvenog sistema i razvoj bolničkih kapaciteta nastavljeni su u periodu između dva svjetska rata, a dodatno su intenzivirani nakon Drugog svjetskog rata.
Tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu i opsade Sarajeva u periodu od 1992. do 1996. godine Klinički centar Univerziteta u Sarajevu radio je u izuzetno teškim uslovima. Zdravstvene ustanove bile su svakodnevno izložene granatiranju, uprkos jasno istaknutim oznakama zdravstvenih objekata.
U tom periodu potpuno su uništene Ginekološko-akušerska i Pedijatrijska klinika sa pratećim sadržajima, kao i Institut za fizijatriju na Ilidži. Velika oštećenja pretrpjele su i klinike na Koševu, dok su Institut za vaskularne bolesti i Psihijatrijska bolnica devastirani nakon povlačenja iz naselja Jagomir.
Ukupne materijalne štete procijenjene su na 34,2 % prijeratnih kapaciteta KCUS-a, odnosno 1.130 bolesničkih postelja i oko 38 miliona eura. Tokom rata život je izgubio 51 uposlenik ustanove, dok su brojni zdravstveni radnici i pored svakodnevne opasnosti nastavili pružati medicinsku pomoć građanima Sarajeva i Bosne i Hercegovine. U istom periodu Klinički centar napustilo je 2.597 radnika, dok je 2.271 zaposlenik ostao raditi tokom cijelog rata.
Uprkos ratnim razaranjima, reorganizacijom kapaciteta i velikim zalaganjem medicinskog osoblja, rad KCUS-a nikada nije prekinut.
Danas je Klinički centar Univerziteta u Sarajevu najveća i najsloženija zdravstvena ustanova u Bosni i Hercegovini, tercijarna zdravstvena institucija, nastavna baza medicinskih fakulteta i jedan od najvažnijih centara medicinske edukacije, nauke i istraživanja u regionu.
