Organizaciona jedinica Klinička patologija i citologija osnovana je 2002. godine, a od 2005. godine obavlja kompletnu dijagnostičku djelatnost iz oblasti anatomske patologije za potrebe Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu. Danas predstavlja najveću histopatološku i molekularnu laboratoriju u Bosni i Hercegovini.

Djelatnost organizacione jedinice obuhvata histopatološku, citološku, imunohistohemijsku, molekularnu i citogenetsku dijagnostiku, kao i protočnu citometriju. Organizaciona jedinica Klinička patologija i citologija jedina u Bosni i Hercegovini radi širok spektar molekularnih analiza i dijagnostičkih procedura značajnih za ciljanu terapiju malignih oboljenja.

Organizaciona jedinica kontinuirano uvodi savremene dijagnostičke metode, učestvuje u međunarodnim programima kontrole kvaliteta i predstavlja značajnu bazu za edukaciju i naučnoistraživački rad iz oblasti patologije i citologije.