Organizaciona jedinica Klinička mikrobiologija ima za cilj pružanje savremenih usluga iz oblasti mikrobiološke dijagnostike građanima Bosne i Hercegovine, prateći najnovije zahtjeve savremene medicine i otvarajući nove mogućnosti za naučnoistraživački rad iz različitih oblasti mikrobiologije.

Klinička mikrobiologija predstavlja značajnu bazu za edukaciju i naučnoistraživački rad u kojoj zdravstveni profesionalci različitih usmjerenja stiču laboratorijske vještine i teorijska znanja. Kroz saradnju sa stručnjacima i naučnicima iz zemlje i inostranstva razvijaju se stručna i naučna rješenja te razmjenjuju iskustva iz oblasti virusologije, bakteriologije, mikologije, parazitologije, infektivne imunologije i molekularne mikrobiologije, kao i srodnih disciplina poput imunologije, citologije, infektologije, onkologije, epidemiologije i higijene.

Vizija Kliničke mikrobiologije je unapređenje kvaliteta laboratorijske dijagnostike u skladu sa savremenim svjetskim standardima stručnog i naučnog rada, kao i razvoj moderne naučnoistraživačke baze u oblasti biomedicine.