Osnovna djelatnost Klinike obuhvata stručni, naučni i edukacijski rad iz oblasti infektivnih bolesti. U okviru svog djelovanja vrši prijem, dijagnostiku i liječenje pacijenata kroz ambulantno-polikliničke usluge, savjetovališta, bolničko liječenje te konzilijarno-konsultativnu podršku drugim klinikama. Poseban značaj daje se kontinuiranoj edukaciji kadra i naučno-istraživačkom radu.

Klinika za infektivne bolesti u Sarajevu najveća je ustanova ove vrste u Bosni i Hercegovini i jedna od vodećih u regionu. Njena djelatnost obuhvata zbrinjavanje vitalno ugroženih pacijenata, dijagnostiku i liječenje HIV/AIDS-a, oportunističkih, spolno prenosivih i tropskih bolesti, kao i infekcija kod imunodeficijentnih i transplantiranih pacijenata. Također, bavi se bolničkim infekcijama, primjenom antimikrobnih protokola i postekspozicijskom profilaksom.

Savremene dijagnostičke i terapijske metode uključuju lumbalnu punkciju, endoskopske procedure, ultrazvučnu dijagnostiku, biopsije i specifične terapijske pristupe, čime se osigurava visok nivo zdravstvene zaštite.