Na Hirurškoj klinici Bolnice Koševo 1956. godine po prvi put formirano je Odjeljenje dječije hirurgije.

Godine 1979. formirana je Klinika za dječiju hirurgiju kao dio Univerzitetskog medicinskog centra i tako postala jedina Klinika za dječiju hirurgiju na prostoru Bosne i Hercegovine. Takav način organizacije uslovio je da Klinika postane edukativno-nastavni centar dječije hirurgije u BiH i mjesto gdje su od tada mnoge generacije dječijih hirurga dobijale znanja iz ove grane hirurgije.

Od 1992. godine postoji kao organizaciona jedinica u sastavu Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu.

Klinika za dječiju hirurgiju stručna je, naučna i edukaciona institucija KCUS-a iz oblasti dječije hirurgije.